Nach der Enttarnung wurde, in Anknüpfung an die Tätigkeit der DVS, Schleißheim zum zentralen Standort für die Jagdfliegerausbildung. Viele der später berühmten Fliegerasse wurden hier geschult.

Zur Besetzung des Rheinlandes 1936 wurden die Jagdflieger abgezogen. Es blieb die bisher noch nebenbei betriebe Anfänger- und Fortgeschrittenen-Schulung, nun in Form einer A/B-Schule. Während der Sudetenkrise im Herbst 1938 wurden zahlreiche ortsfremde Einheiten in Schleißheim einquartiert, und der Ausbildungsbetrieb kam kurzzeitig zum Erliegen.
Im März 1939 kehrte die Jagdfliegerschule zurück nach Schleißheim, und die A/B-Schulung wurde an andere Standorte abgegeben.

Nach Kriegsausbruch wurde die Ausbildungstätigkeit intensiviert. Aus Kapazitätsgründen mußte aber bereits im Dezember 1939 die 2. Schulstaffel nach Bad Aibling umziehen, kehrte aber 1940 wieder zurück. Im April 1940 zog die 3. Staffel um nach Neubiberg. Zugleich wurde aus der Jagdfliegerschule die Zerstörerschule.

Nach dem ersten Nachtangriff auf München im Juni 1940 mußte sich die Zerstörerschule auch mit der Nachtjagd auseinander setzen. Ab Mai 1942 fungierte der Standort dann auch offiziell als Nachtjagdschule 1. Etwa zeitgleich wurde auch die Fliegertechnische Schule 3 nach Schleißheim verlegt. Damit einher ging eine weitere Vergrößerung und erneut die Abgabe von Staffeln an andere Standorte.

Aufgrund der zunehmenden britischen Angriffe wurde die Schule mehr und mehr in eine Einsatzrolle gedrängt, und im März 1943 schließlich in Nachtjagdgeschwader 101 umbenannt. Nahe des Schlosses entstand ein Grossraumgefechtsstand, Deckname "Minotaurus". Im September 1943 ging das NJG 101 im NJG 6 auf, das in Schleißheim neu aufgestellt wurde. Teile des Geschwaders blieben bis zum Kriegsende in Schleißheim. Dies erfolgte für Schleißheim am 29.April 1945, als Horstkommandant Oberst Schröder den Platz kampflos an die anrückenden Amerikaner übergab.